O defeito ocorre por consequência de:

1. Factores ambientais
   1. Maior incidência em crianças nascidas no Inverno
   2. Associação quanto à incidência regional
   3. Efeito da ordem de nascimento
2. Genéticos específicos
1. Alguns efeitos não exibem padrão de herança mendeliana
2. Tendência familiar
3. Risco de parentes de primeiro grau apresentarem o mesmo defeito
3. mas a maioria é multifactorial.

Sendo que muitas causas têm sido propostas tais como deficiência de folato (forma natural de ácido fólico), diabetes materno e ingestão de álcool durante os primeiros três meses de gravidez.

A carência de ácido fólico no organismo materno é o maior responsável pelo não desenvolvimento do Tubo Neural, uma vez que o ácido fólico é um composto importante para a formação e metabolização do DNA. Pesquisas recentes indicam que a ingestão de ácido fólico (um componente da vitamina B) nas semanas que antecedem a concepção e nas primeiras semanas da gestação reduz de modo significativo a incidência de espinha bífida na população em geral e, sobretudo, naqueles casos em que há risco de nascer um segundo bebé com esta má-formação. Alguns países já adoptaram programas preventivos de ingestão do ácido fólico pelas futuras gestantes. O ácido fólico é encontrado nas folhas verdes dos legumes, nas frutas, cereais, pães integrais, podendo também ser ingerido sob a forma de cápsulas (sob cuidados de um médico / geneticista).